Василіанський комплекс створювався більше трьох століть. Згадка про дерев’яну церкву є в писемних джерелах з 1606 року. Ця давня церква не збереглася. Споруджена на її місці нова пов’язана з іменем Станіслава Жолкевського. Відповідний привілей він надав у червні 1612 року. Та новозбудована церква проіснувала недовго. 11 жовтня 1691 року місто охопила чергова пожежа і храм згорів. Міщани церкву відбудували, та під час нової пожежі ( травень 1833р.) вона згоріла щераз.
Діяльність церкви була тісно пов’язана з орденом отців-василіан, які ще у 1682 році заснували тут свій монастир. Через десятиріччя, за сприянням короля Яна Собеського, до Жовкви у супроводі ченців прибув з Молдавії, видатний християнський просвітитель митрополит Доситей, який став першим ігуменом монастиря, привізши з собою реліквію – мощі Івана Сучавського.
Ченцям – василіанам передали міську церкву Різдва – Христового (нині храм Пресвятого Серця Христового). Від 1691 року починається розбудова храму. Інтер’єр святині прикрасив вирізний іконостас, виконаний у майстерні провідного українського майстра Івана Рутковича в 1697-1699 рр.. У XIX ст. іконостас вивезли із Жовкви: тепер окремі його ікони експонуються в залах Національного музею у Львові.
Монастирський комплекс розбудовують. Після перебудови зовнішній вигляд церкви повністю змінився. Однак після приєднання Галичини та Буковини до Австрії, мощі святого Івана Сучавського повернули в Сучаву. Натомість у 1784 році до обителі з монастиря Кларисок у Відні привезли мощі мученика Партенія, нинішню реліквію Жовкви.
Зараз монастирський ансамбль утворюють різночасові і різностильові споруди: барокова дзвіниця та будівлі келій з XVII СТ. У міжвоєнний період інтер’єр храму оздобили монументальні розписи видатного маляра Юліана Буцманюка.
До 1939 року монастиреві належала друкарня, відкрита у 1881 році у так званій дяківці біля дзвіниці. У 1939 року більшовики монастир закрили, а храм у 1946 році підпорядкували російській православній церкві. Приміщення монастиря до 1952 року займав місцевий відділок НКВД. Божий храм перетворили на катівню. Пізніше у монастирському приміщенні була санепідемстанція, школа, стоматологічна клініка.
На початку 90-х років минулого століття і монастир і видавництво отців – василіан “Місіонер” відновили свою роботу, храм повернули УГКЦ. 9 вересня 1990 року першу Службу Божу відправив єпископ Софрон Дмитерко.
