У період з 1939 по 1941 рік у Жовківському замку мав свою базу районний відділ НКВС. З цього місця були депортовані сотні українських і поляцьких сімей до Сибіру, підозрюваних у нелояльності до радянської влади, і також сотні людей були ув’язнені.
У ніч з 26 на 27 червня 1941 року (за іншими даними, в період з 23 по 28 червня), перед захопленням Жовкви німецькими військами, енкавеесівці здійснили масові розправи над більш ніж трьома десятками ув’язнених мешканців міста та прилеглих сіл. Тіла понівечених були знайдені в камерах і декількох прихованих ямах на території та за мурами замку. Їх поховали у спільній могилі на площі Вічевій, поруч замку.
